Sistemsku primjenu antibiotika u endodonciji treba ograničiti na strogo indicirane slučajeve. Svakog pacijenta treba posebno obraditi te antibiotsku zaštitu ( primijeniti ili ne, vremensko trajanje, vrstu antibiotika, način primjene, jednokratnu zamjenu te količinu i koncentraciju lijeka) propisati prema općem zdravstvenom stanju pacijenta, jasnoj i točnoj anamnezi, ili povijesti bolesti, preporuci specijalista ili doktora opće medicine koji vodi njegovu osnovnu bolest( jednu ili više njih). 

Zbog brzih promjena i razvoja novih antimikrobnih lijekova, kao i našeg znaja o bolestima i prevenciji bolesti, treba stalno pratiti izvještaje, i uzeti u obzir najnovije preporuke stručnih dentalni društava.